十和田湖の透明度は、昭和初期には20mあったともいわれているが、1985年（昭和60年）の観測では12.3m、1995年（平成7年）には8.0mにまで低下した（図2-3-1）。また、CODは1987年以降、環境基準値（1.0mg/l以下）を達成できない状況が続いている（図2-3-2）。この原因を究明するため、青森県と環境庁国立環境研究所（当時）が共同で、1995年（平成7年）から3年間に渡って「十和田湖水質汚濁機構解明調査」を実施し、その結果、1985年（昭和60年）頃から、ヒメマス、ワカサギ、さらには、これらの餌であるプランクトン等が構成する生態系に変化が生じ、この現象が水質に影響を及ぼしている可能性が認められた^{※17 7）}。

　また、1998年（平成10年）度からは、水質改善及びヒメマス資源量回復のための具体策を提言することを目的とした「十和田湖水質・生態系調査」を環境庁国立環境研究所（当時）、水産庁さけ・ます資源管理センター（当時）、青森県、秋田県が共同で実施し、2000年（平成12年）度にこの調査による「十和田湖の水質・生態系管理に向けた提言」が提出された。この提言をもとに、青森県及び秋田県は、水質改善及びヒメマスの資源量回復のための具体的な方策を示すため「十和田湖水質・生態系改善行動指針」を策定した^7）。