ここで注目したいことは海軍と海賊のちがいです。大名から軍船や戦闘要員の財源を支給された船手衆は海軍・軍船や戦闘要員・あるいは水先案内人を雇用関係によって派遣する勢力で海賊衆と区別してよいでしょう。海賊というのは、このほかに海上に関所をもうけて関銭を徴収したり、通航安全証明書を発行して料金を徴収したりしました。
瀬戸内海は海の幹線道路といわれていますように東西南北に航路が走り、無数の島々が散在しています。その威勢はまさに海の戦国大名と呼んでいいでしょう。
海賊といえば、どうしても瀬戸内海の村上氏一族があげられますが、むろんほかの国にも海賊はいました。たとえば、伊勢志摩には九鬼あるいは小浜・向井という海賊がいました。戦国大名で水軍を組織したのは毛利氏だけではありません。伊勢志摩の海賊と関係があった戦国大名は甲斐の武田です。武田氏はいまの山梨県に勢力をはり、はじめは海と関係がありませんでした。しかし駿河の今川氏が滅びますと、駿河湾をのぞむ地を支配するようになりました。ここにおいて武田氏は相模の小田原に本拠をおいた後北条氏と衝突します。そこで武田氏は海軍の編制をはじめました。海軍力を持たなかった武田氏は伊勢の海賊の小浜氏を招いて海軍長官のような位置にすえています。
小浜も向井ももとは海上に勢力をはっていた海賊だったことでしょう。武田氏につかえることによって海賊の性格をなくし、海軍に転身したのです。この両氏は武田氏滅亡後、甲斐を支配した徳川氏に服属し、徳川氏、いや江戸幕府の船手衆に出世しています。
ここで海賊能島氏の雄姿を伝えている史料がありますので、紹介したいと思います。
日本の海賊の最大なる者がいる島々の処についた。海賊は同所に大なる城と多数の部下、領地およびたえず出動する船を有し、能島殿と称してはなはだ有力である。それで他の諸国の沿岸の地では彼を恐れて毎年年貢を納めている。
わがパードレーおよびイルマンらは、絶えずこの海を航行し、彼らの手に落ちる危険があったゆえ、パードレーは彼より安全通交証をえて、わが会員がその部下に捕らえられても略奪、加害せられざるようせんことを望んだ。
それで今回、豊後に向かって進んだとき、その城より一・二レグワのところに着いて、日本人イルマン一人を遣わして、彼を訪問せしめ、その好意と右に述べた特権を求めさせた。彼はいイルマンを大いに歓待・饗応し、その求めるところについてはパードレーたちは天下の君、関白殿の庇護をうけるゆえ、彼の好意を要せぬといったが、イルマンの紋章と署名のある絹の旗を与え、疑わしい船にであったとき、これを示すようにと伝えた。これは彼の与える最上の好意で、各地方には彼を主君と認めざる海賊も多数あるが、航海者がもっとも恐れるのは彼である。