瀬戸内海は海の幹線道路の役目をしていました。内海の沿岸には公家や寺家の荘園が多く点在していました。各地の荘園で収穫した生産物は船に載せられて中央の京都に運ばれます。このとき荘園領主は収穫した生産物、年貢ですが、それを守るために海賊を雇っています。内海の海賊が荘園からの輸送物資を狙って襲ってくるからです。京都の東寺に雇われた海賊のなかに村上という名前をみつけることができます。鎌倉の末から南北朝ぐらいの時期のことです。どこの村上氏かくわしいことはわかりませんが、村上氏が海賊であったことがあきらかです。
南北朝が過ぎ、室町期になると、守護大名の勢力が瀬戸内海にのびてきます。村上氏一族も守護と関係をもつようになります。応仁の乱は細川氏と山名氏が敵対した戦乱ですが、このとき、備後の因島の村上氏は備後守護の山名氏に味方して警固船を出しています。海賊が守護の警固衆、いまでいえば海軍になったわけです。
戦国時代になりますと、戦国大名の海への支配がはじまります。たとえば毛利氏を例にしますと、もともと毛利氏は安芸、現在の広島県の山間部を根拠地としていましたが、守護の大内氏の勢力を後ろ楯にして安芸の海辺部へ進出してきました。瀬戸内海に進出するには海軍が編制されなければなりません。そこで毛利氏は海賊とは性格のちがう海軍を育成します。その後、現れる織田信長・豊臣秀吉も全国支配をするために、やはり海軍を編制いたします。徳川氏もそうです。海を支配することは全国を支配することになりますから、大名は強力な海軍の編制につとめたわけです。こうした大名の海軍育成のなかで海賊をみる必要があります。
さきほど話しましたように海賊の系譜をもつ因島村上氏は備後の守護に服属しています。こうなると海賊ではなく、警固衆とよばれるようになります。毛利氏は現在の広島港に海軍を育成しますが、海軍のことを警固衆とか船手衆とよんでいます。ここで大事なことは毛利氏と船手衆との関係です。毛利氏は強力な海軍を育成するために広島港の近辺に船手衆の財源となる土地を用意しています。そして船手衆をひきいる船手頭は毛利氏の家臣があてられます。毛利氏は自分の家臣の指揮する船手衆を育成しています。
備後の因島村上氏は、毛利氏が備後を支配すると、その支配に組み込まれて海軍に編入されています。
ところが、村上氏一族の能島氏は毛利氏とともに海軍の活動をいたしますが、殿様と家来の関係にはありません。毛利氏は戦局に応じて能島村上氏を雇用したのです。たとえば、毛利氏が豊後の戦国大名大友氏と関門海峡を挟んで戦ったとき、あるいは、伊予の河野氏が毛利氏に助けを求めたとき、毛利氏は能島村上氏に軍船の派遣を依頼していますし、上乗という水先案内人を派遣しています。