炭化水素とメタノール燃料電池の両方が、現在の内燃エンジンより優れたエネルギー効率であるという潜在的な利点がある。自動車に適正なべースにおいて、炭化水素をべースとした燃料電池自動車あるいはハイブリッド電気自動車は、メタノールを動力とするものより優れた効率を提供する。二酸化炭素と部分的排出は炭化水素とメタノールの両システムにおいて類似している。燃料が石炭から生産された場合、効率と排出は現在の内燃エンジンより劣る。
部分的な自動車の排出
メタノールおよび炭化水素の燃料電池自動車の両方が、自動車自身が生み出す排出のレベルを削減する可能性を持っている。これらの「部分的な排出」には窒素酸化物(NOx)、一酸化炭素(CO)および粒子状物質が含まれる。炭化水素とメタノール・システム両方に対する初期のテストにおいて、その部分的な排出は、世界で最も厳しい排出基準のひとつであるカリフォルニア州のSULEV仕様以下であることが示唆された。