同館は、パートナーシップ方式により川崎市と運営委員会(多摩川エコミュージアム構想に参加する市民団体および地元自治会)により運営されている。
このせせらぎ館をエコミュージアム運営の拠点とし、構想に基づき組織された6つの市民プロジェクトチームがそれぞれ活動を展開している。そして、それぞれの代表者会議での協議を通じてエコミュージアム構想の具体化を図っている。
広報活動は、広報プロジェクトチーム発行の多摩川エコミュージアム交流紙「エコ・たまがわ」やインターネット上で行っている。
f. 課題：
緑地の保全や活用、管理体制が不十分であることや、せせらぎ館の運営における市民団体と自治会の連携に問題がのこされている。また、地域住民に対するエコミュージアム構想の周知徹底や、市外地域で展開しているさまざまな活動との情報の共有化も課題である。今後の方向性としては多摩川流域に点在する各サテライトと、コア施設である二ヶ領せせらぎ館とのネットワーク化、例えば道標などの案内サイン計画の実施が必要。そしてエコミュージアム構想事業の最終年度を控えて、今後基本計画ならびに実施計画を策定していく必要がある。
