上記のような書面を申請書に添付すべきであるが、船舶自体の調査を必要とする船舶の滅失、解撤、独航機能の撤去又は総トン数の減少等につき、その事実を証する書面の交付を管海官庁(船舶の所在地の最寄の運輸局又はその海運支局)に対して申請したときは、管海官庁において、当該官吏(運輸技官又は運輸事務官で当該事務を所掌する者。ただし、船舶の総トン数の測度に関しては船舶測度官)を船舶に臨検し、臨検調査書に準じて書面を作成させ(細則23条第1項の臨検調査書ではないが、これに準じて作成するものとされる。昭和30年8月23日舶登626号)、かつ、管海官庁の印を押捺して交付する。
なお、船舶の解撤の証明書の交付を受けようとする場合には、解撤完了後ではなく、未だ当該船舶の同一性が確認しうる段階において、その申請をなすべきである。
2. 職権による抹消登録
職権による抹消登録の開始については、その原因により二つの態様に分れる。
(1) 1において述べた船舶の抹消登録の申請は、義務づけられているものではあるが、船舶所有者はその申請手続を懈怠することがある。しかし、かかる船舶登録制度の適用を排除せられた船舶の登録を存置させることは、当該船舶の登記とともにその後の手続や取引に無用の混乱又は事故を生ずる原因となるのみである。したがって、かかる登録は、船舶所有者の申請を待たずして、職権をもってこれを抹消する途が開かれている。すなわち、
(ア) 管海官庁において、船舶が船舶法第14条第1項の抹消登録をなすべきものとなっていることを発見した場合には、1ヵ月以内に抹消登録の申請をなすべきことを催告することを要する(法14条2項。催告書の送達は内容証明及び配達証明によりなされる)。
(イ) 催告をしても、正当の理由がなくしてなお抹消登録の申請をなさないときは、職権をもって当該船舶の抹消登録をなすことを要する(法14条2項)。
(2) 船舶国籍証書の検認を受けないため、その証書が失効し、その結果、船舶の抹消登録をなすべき場合には、管海官庁が職権をもってこれをなすことを要する(法5条ノ2・4項)。
第3款 船舶の抹消登録の実行
1. 申請に対する審査
船舶の抹消登録の申請を受付けた場合の審査は、各種の登録申請の場合と同様であるが、さらに次の事項に留意すべきである。
管海官庁は、船舶法第14条の規定により抹消登録をなした場合には、船舶の登記の抹消の嘱託をもなすことを要するのであって(船登規則30条)、その結果、当該船舶に関する第三者の権利の登記もその効力を失うものであるから、抹消登録の原因たる事実の審査は、職権調査主義により慎重になすべきである。すなわち、当該官吏は、申請書に添付された抹消登録の原因たる事実を証する書面を審査するに際して、その書面が臨検調査書である場合には問題はないが、その他の場合には必要に応じ船舶に臨検すべきである(法21条ノ2)。