(2)化学薬品処理
人体への影響や周辺環境への影響等の薬品特性の検討により、実用化の検討に値する薬品として、次亜塩素酸ソーダ，過酸化水素，ホルムアルデヒド，MDBA(有機塩素系農薬)，オゾンを選定している。その中で、オゾンに関しては、当時のオゾン発生器開発状況から、大がかりな発生器が必要と判断され、当面は検討対象から除くとしている。
他の4薬品に関する調査研究結果は、次のようにまとめられる。なお、検討対象生物は、全て有害プランクトン(Alexandrium属)である。
・MDBA(有機塩素系農薬)には、殺滅効果が無い。
・単離した遊泳細胞の殺滅濃度は、過酸化水素が1 mg／L，次亜塩素酸ソーダ(有効塩素濃度、以下同じ)が1 mg／Lで、ホルムアルデヒドが10 mg／Lである。
・単離したシストの殺滅濃度は、3薬品共に30mg／Lである。
・薬品の分解・消費がおこるセディメント中シストの殺滅濃度は、ホルムアルデヒドが10mg／L，過酸化水素が30mg／L以上・次亜塩素酸ソーダが100mg／L以上である。
・使用時に問題となる鉄腐食性と人体への毒性の評価は、過酸化水素が最も優れており、ホルムアルデヒドが最も劣っている。
・以上の結果から、現時点においては過酸化水素の50mg／Lが、優れた薬品と濃度である。
・過酸化水素の購入費用は、バラスト水1万トン当たりで22万円である。
・処理方法は、薬品を事前に購入し、港湾に貯蔵しておき、バラスト水漲水時に注入，薬品製造装置を港湾に設置して作動・注入，船舶に薬品貯蔵容器を設置して必要時に注する3方法が考えられる。
・二次汚染，分解性，船体への影響(鉄腐食性)に関する十分な検討が必要である。
・化学薬品処理の実施には、SOLAS条約とMARPOL73／78条約の規定を満たす必要がある。
