しかし、この方策を構築するためにはさまざまな課題を解決しなければならない。各行政機関の申請窓口を物理的に地方公共団体の総合窓口の統合するためには、各申請にかかる法律の改正も場合によっては必要であり、また各行政機関の縦割りの問題も検討に加えなければならないものと考えられる。
また、各行政機関の申請窓口に用いられている情報システムと、地方公共団体における総合窓口の情報システム(つまり「住民基本台帳ネットワークシステム」)が接続され、一つの端末で各種申請を処理可能とするためには、大きな課題として各行政機関の情報システムと、総合窓口の情報システムの個人コード体系の統一化を図らなければならない。図表6-6に各省庁における主な番号制度の概要を掲げる。