クリッパー3においては、認証機関(CA)と秘密鍵寄託機関(EA)とを複合的に関連付けて社会システム上位置付けている点が特徴的であるが、その具体的な内容については、未だ流動的である。
例えば、CAとEAとの関係については、基本的には独立した機関を想定して構想を組み立てているが、一方で、CAとEAとが必ずしも独立の機関である必要はないと述べており、一つの機関が認証機能とキーリカバリー機能を併せ持つ可能性を残している。
また、秘密鍵の寄託方法については、個人のプライバシー保護の観点から、複数のEAへの分割寄託の可能性についても言及している。
クリッパー3において示されたキーリカバリーシステムに対しては、政府の強いコントロールという点において、実質的にキーエスクローシステムと変わらないという批判もある。
