健康畜検査では、まず生体検査を行い、と殺・解体後、枝肉検査及び内臓検査を行い、1頭ごとにその詳細を記録します。
病畜検査では、まず症状・治療の経過について、担当獣医師の診断書をもとに生産者から聞き取り、生体・枝肉・内臓検査を行います。また必要に応じて指導も行い、詳細に記録します。
これらの検査の中で必要なものについては、試験室で精密検査を行います。また、保留や全部廃棄の行政処分を伴うものについては、精密検査結果・枝肉の所見図等の多くの項目について、その詳細を精密検査報告書に記録します。
これらの記録をもとに、各種検査結果通知書を毎日発行すると共に、関係機関へ報告する月報の作成、年度別の様々な集計及び事業概要の作成を行います。このほか、関係機関や畜産業界からの情報提供依頼や、フィードバックのための集計もその都度行います。