これらのターミナルの上物施設については、子城台ターミナルにおいてはKCTAが建物、上屋、ガントリー･クレーンを設置し、トランステナーはターミナル･オペレーターであるBCTOCの責任で整備･更新を行うことになっている。厳密な上下分離構造はターミナル毎に異なり、旧埠頭においてはBCTOCが予算の範囲内でガントリー･クレーンを含めた多くの投資を行っている。一方神仙台ターミナルではPECTがガントリー･クレーンを含めた整備を行った。いずれの場合でも、ターミナル･オペレーターが固定港湾施設を建設しても所有権は政府に帰属し、耐用年数(最長20年)の無償使用権が与えられることになっている。
子城台ターミナルは公共埠頭として入港先着順利用が行われてきたが、船混み対策として、1980年代後半以後、ウィークリー運航定期船、他の定期船、不定期入港船の順で優先権を付した予約制に改められた。神仙台ターミナルの運用も同様の方法によっている。
両ターミナルの荷役方式として、子城台ターミナルはストラドルキャリア方式を採用してきた。しかし混雑への対応のために一時的にコンテナ蔵置段数を高めなくてはならなくなったことから、その場合にも対応できるトランスファー･クレーン方式も併用している。並行して無料蔵置期間も、輸出で5日間、輸入で4日間までであったものを1995年から各1日短縮している。
