連合会では、平成12年5月11日に開催された第152回理事会において、笹川陽平氏が今期限りで会長職辞任を表明された。これにより、同年5月22日の同会第119回通常総会で、同会副会長であり大阪府モーターボート競走会会長の山幸夫氏が第4代会長に選任され、運輸大臣の許可を得て同年6月1日就任した。

　なお、笹川氏は、連合会の名誉会長に就任された。

　

　

　

　

　平成12年2月9日付でモーターボート競走法施行規則の一部改正が行われ、3連勝単式投票法、3連勝複式投票法および拡大2連勝複式投票法が導入された。

　平成12年10月13日、公営競技界で初の3連勝式投票法の発売が住之江競艇場で行われ、同年11月1日には平和島、同月28日には尼崎、同月30日には蒲郡、平成13年3月には常滑で発売を開始、平成13年度からは各競艇場で順次発売された。

　住之江競艇場での当初の6日間の開催では、3連単の万舟券が17本も出て、話題を呼び、投票法別の売上比率では、3連単が43%を超え、人気の高さが顕著にあらわれた（3連単の比率は、その後さらに増加し、平成15年の全国売上に占める3連単の比率は79%となった）。

　なお、広報センターは、3連単の宣伝のため、プロレスラーのアントニオ猪木氏を起用しインパクトの強いポスターを制作、このポスターは、「2000年スポニチ広告大賞」モノクロ部門で、優秀賞を受賞した。

　

　

　

　連合会の選手養成は、昭和42年に開設した「本栖研修所」で約35年にわたり2,000名に近い選手を養成してきたが、より充実した環境で養成訓練を行うため、福岡県山門郡大和町に総工費62億円をかけて平成10年10月から建設していた新しい選手養成施設「やまと競艇学校」が平成13年3月10日竣工し、関係者約300名の出席の下にその開校式が行われた。