平成15年7月29日に「16年度予算の全体像」が経済財政諮問会議において、竹中大臣から提案され、経済財政諮問会議で合意された。その中で、「16年度予算の骨格」として、三位一体の改革に対する基本的な取組姿勢が明示されている。また、同日に片山総務大臣から「平成16年度予算における国庫補助負担金の改革等について」が各大臣に通知されるとともに、経済財政諮問会議において提示され、具体的に説明された。

　その中身としては、補助金の基本的な見直しの考え方、特に見直すべき項目のリストが示されている。

　8月1日には「平成16年度予算の概算要求に当たっての基本的な方針について」、いわゆる概算要求基準について閣議了解されている。この中で、概算要求基準の考え方として、「基本方針2003」を踏まえ、平成15年度に続き歳出改革の一層の推進を図ることとし、一般会計歳出及び一般歳出について実質的に平成15年度の水準以下に抑制することを目標に、歳出全般にわたる徹底した見直しを行い、歳出の抑制と所管を超えた予算配分の重点化・効率化を実施するとともに、国債発行額についても極力抑制するとされている。具体的には、公共投資関係については、前年度当初予算における公共投資関係費に相当する額に100分の97を乗じた額の範囲内に抑制することとし、各省庁の要望については、各所管ごとに、前年度当初予算における公共投資関係費に100分の97を乗じた額を算出した上で、その額に100分の120を乗じた額を上限とすることとしている。裁量的経費については、前年度当初予算における裁量的経費に相当する額（科学技術振興費に相当する額を除く。）に100分の98を乗じた額に、前年度当初予算における裁量的経費に相当する額のうち科学技術振興費に相当する額を加算した額を上限として縮減を図ることとし、各省庁の要望については、各所管ごとに、前年度当初予算における裁量的経費に相当する額（科学技術振興費に相当する額を除く。）に100分の98を乗じた額に、前年度当初予算における裁量的経費に相当する額のうち科学技術振興費に相当する額を加算した額を算出した上で、その額に100分の120を乗じた額を上限とすることとしている。三位一体の改革の関連では、補助金についての見直しの考え方として、その取組方針が記述されており、特に地方公共団体に対して交付される国庫補助金については5%カットということが明示的に示されている。また、地方財政との関係では「基本方針2003」に沿って、歳出規模の抑制と交付税総額の抑制の方向が示されており、「基本方針2003」が予算編成作業の中にも具体的に反映された形となった。

　その後、地方においても三位一体の改革に対する期待の高まりがみられ、8月27日の21世紀臨調の緊急提言を皮切りに、9月の知事会長私案、10月9日には指定都市からの提言、23日には全国市長会から、11月18日には全国知事会が提言をとりまとめている。これら提言はどれも税源移譲を前提とし、生活保護費負担金などの国が責任を果たすべきものを除き、ほとんどの国庫補助負担金を原則として廃止すべきであるとしている。これら地方の声を受け、11月18日の経済財政諮問会議において、総理から、「3年間で4兆円の補助金改革であるから、初年度の平成16年度は1兆円の補助金の廃止・縮減等を行うべきである。」との指示が出され、21日の閣僚懇談会の場で各閣僚にその旨の指示が出され、翌22日には内閣官房から1兆円の改革を達成するために、各省庁に対し削減目標が示された。これに対し、各省庁からは、義務教育費国庫負担金等のうちの退職手当・児童手当の一般財源化、生活保護費負担金及び児童扶養手当給付費交付金の国庫負担率の引き下げなど、地方の自由度を全く拡大しないものが提出されるなど、政府部内での調整は困難を極めたが、財務大臣、総務大臣と関係省庁の大臣との折衝等を経て、12月12日に16年度における国庫補助負担金の改革案及び税源移譲の実施と特例的な交付金の創設が政府・与党の合意としてとりまとめられたのである。また、税源移譲についても議論が進められ、12月17日の与党税制協議会の大綱において所得譲与税の創設が決定された。

　一方、地方交付税については、12月18日の総務大臣、財務大臣折衝により、16年度地方財政対策が決着し、地方財政計画の抑制とそれを通じた交付税総額の抑制について決定したところである。

　こうした、それぞれの対策が具体的に定まり、12月19日の政府与党協議会の了承を経て、12月24日にはこれらも織り込んだ平成16年度の予算案が閣議決定されたところである。