国庫補助負担金の改革については、「国庫補助負担金等整理合理化方針」に基づき、20.4兆円（平成15年度予算ベース）に及ぶ、国庫補助負担金の全体を見直し対象として、概ね4兆円程度を目途に廃止・縮減等の改革を行うことが示されている。

　このうち、「重点項目」とされているものについては特に重点的に見直しを行うこととされ、また、公共事業については、これら重点項目の見直し（（1）地方道路整備臨時交付金の運用改善、（2）市町村事業等に係る国庫補助負担事業の原則廃止・縮減、（3）事業主体としての国と地方の役割分担の明確化）に加え、行財政の効率化・合理化の観点からも全体的な改革にとり組むこととされている。

　

　「基本方針2002」においては、地方交付税のくだりについて、「9割以上の自治体が交付団体となっている現状を大胆に是正していく必要がある。このため、この改革の中で、交付税の財源保障機能全般について見直し、『改革と展望』の期間中に縮小していく。」とされており、「基本方針2003」のとりまとめにあたっても、この記述がベースになっている。

　地方交付税制度は（1）地方団体が標準的な行政水準を維持するのに必要な財源を保障しつつ、（2）地方団体間における財政力格差を調整する仕組みから成り立っている。（1）に該当するものが、財源保障機能とされるものであり、（2）に該当するものが財源調整機能である。

　この財源保障機能には日本全体を視野に入れたマクロとしての財源保障機能と、個々の地方公共団体の基準財政需要額や基準財政収入額の算定を通じて、必要とされる全国標準的な行政水準のところまでを保障するというミクロの財源保障機能の二つの面がある。

　マクロの面では、地方財政が計画的運営を維持するために必要な財源を国全体として保障するものである。具体的には、地方財政全体として必要とされる標準的歳出総額が賄われるよう地方財政計画の策定を通じ、地方税収等と合わせて所要の地方一般財源の総額を確保することである。

　ミクロの面では、各地方団体における法令等に基づき実施する事務事業等一定水準の行政の計画的運営を保障するものである。具体的には、基準財政需要額及び基準財政収入額の計算という地方交付税の算定を通じて各地方団体の財政需要に見合う財源を地方税収と地方交付税で充足できるよう保障するものである。

　マクロとしての財源保障機能の縮小については、「基本方針2003」では、「国の歳出と歩調を合わせつつ」地方財政計画の歳出を徹底的に見直していき、交付税総額を抑制し、財源保障機能を縮小していくとされている。具体的には「国庫補助負担金の廃止、縮減による補助事業の抑制」、「地方財政計画計上人員4万人以上純減」、「投資的経費（単独）を平成2〜3年度の水準以下に抑制」、「一般行政経費等（単独）を現在の水準以下に抑制」の4つが掲げられている。

　「地方財政計画計上人員4万人以上純減」については、平成17年度まで毎年1%の削減を行うこととされている国の定員削減計画に準じた削減を図ることとし、地方団体においても概ね1年間に1万人のペースで計画計上人員の純減を図ることを目標にしたものである。

　また、「投資的経費（単独）を平成2〜3年度の水準以下に抑制」については、「改革と展望」において、国の公共投資について「『改革と展望』の期間を通じ、景気対策のための大幅な追加が行われた以前の水準を目安に、その重点化・効率化を図っていく」とされていることを踏まえたものである。すなわち、地方単独事業についても、これに準じることとし、「改革と展望」の最終年度である平成18年度までに平成2〜3年度頃の水準を目安に抑制することとしたものである。

　ミクロの財源保障機能の縮小については、各地方団体に配分される交付税額を算定する際に用いる基準財政需要額等の算定方法を簡素化していき、また、段階補正、あるいは地方債元利償還金の後年度算入措置を現在の見直し状況から、更に見直しを進めていくこととしている。

　このように、財源保障機能は縮小していくこととなっているが、平成15年4月1日に塩川財務大臣から提出された「三位一体の改革の進め方について」で述べられていた「廃止」ということについては及んでいない。むしろ、「基本方針2003」に「他方、必要な行政水準について国民的合意を図りつつ地域間の財政力格差を調整することはなお必要である」という記述があり、財源保障機能と財源調整機能を一体として機能させている交付税の基本フレームについては引き続き維持していくことが示されている。

　

　ここではまず、「「改革と展望」の期間中に、廃止する国庫補助負担金の対象事業の中で引き続き地方が主体となって実施する必要のあるものについては、税源移譲する。その際、税源移譲は基幹税の充実を基本に行う。」とされており、平成18年度という期限をつけて、基幹税の充実を基本に税源移譲を行うことが明確にされているのが、大きな特徴である。

　このうち、基幹税とは、税源が普遍的に存在し、国や地方の税収において中核的な役割を果たしている税とされており、一般的に個人所得課税、法人所得課税、消費課税等が挙げられている。

　また、「税源移譲に当たっては、個別事業の見直し・精査を行い、補助金の性格等を勘案しつつ8割程度を目安として移譲し、義務的な事業については徹底的な効率化を図った上でその所要の全額を移譲する。」こととされており、移譲割合についても明記されている。この趣旨は、税源移譲額は個別事業毎に補助金の性格を勘案しつつ決定されるものであり、その一応の目安を8割としているが、義務的な事業については、国が個別に制度的な検討を行い、徹底的な効率化を図った上で、その所要額全額を移譲しようというものである。すなわち、義務的な事業については10割、それ以外のものについては8割程度を目安として移譲するということになっている。

　あわせて、「18年度までに必要な税制上の措置を判断」して、その一環として地方税の充実を図ることとされているが、これは、「改革と展望」の期間中に国と地方双方が歳出削減努力を積み重ねつつ必要な行政サービス、歳出水準を見極め、また、経済活性化の進展状況及び財政事情を踏まえ、必要な税制上の措置を判断することとされている。

　なお、「必要な場合、地方の財政運営に支障を生じることのないよう暫定的に財源措置を講ずるものとする。」とされており、国庫補助負担金の削減規模によっては、平成15年度同様、税源移譲までのつなぎとしての暫定的な財源措置を講じることもあり得ることを示しているものである。

　また、「地方が納税者の理解を得ながら、課税自主権を活用して地方税の充実を図ることは重要な課題であり、課税自主権の拡大を図る。」とされており、地方分権の推進という観点から地方が更に課税自主権を発揮しやすくなるよう、標準税率のあり方を見直すなど、できるだけ拡充する方向で検討を行う方針が示されている。しかし、この点については、政府税制調査会の「中期答申」において、「主要な税源は国・地方の法定税目とされていることなどから、現行の枠組みでの課税自主権の活用による地方税の充実確保には限界がある」と指摘しているところであり、課税自主権の活用と税源移譲の問題は別問題であり、課税自主権の活用が、三位一体の改革の主要な役割を果たしうるものではないことには留意する必要がある。

　さらに、「こうした三位一体の取組により、地方歳出の見直しと併せ、地方における歳出規模と地方税収との乖離をできるだけ縮小するという観点に立って、地方への税源配分の割合を高める。」とされ、税源移譲の実現も含め、今後の税制改正を通じて地方税中心の歳入構造の確立を目指す、との方向性も明確に示されている。税収ベースでは国対地方が3:2、しかし、実際の事業実施ベースでは、国対地方の歳出は2:3、この乖離幅を極力縮小していくということである。「その際、応益性や負担分任性という地方税の性格を踏まえ、自主的な課税が行いやすいという点にも配意し、基幹税の充実を基本に、税源の偏在性が少なく税収の安定性を備えた地方税体型を構築する。」とされており、このような税体系の構築にふさわしいのは、個人住民税や地方消費税であり、今後の税制改正にあたっては、これらの充実確保を重視すべき、との方向性を示唆している。