独立行政法人水産総合研究センター養殖研究所日光支所の歴史は、奥日光湖沼群、特に中禅寺湖への冷水性魚類の放流の歴史であると同時に陸水学、生物学の歴史でもある。研究範囲は多岐に亘り、放流種苗の確保から始まり、放流に伴う適地選定、放流対象種の生物学的生態学的知見の確立、放流地域環境の把握といった様々な研究が行なわれてきている。明治の年代には多種のサケ・マス類が放流され、卵から稚魚放流への研究が行なわれた。1890年（明治23年）には宮内省が設置したふ化場を菖蒲ヶ浜に移転し本格的なふ化放流が始まっている。表4-5-1に日光支所の沿革を示す。実際に研究機関として機能したのは1964年に水産庁淡水区水産研究所日光支所となってからである。

出典：独立行政法人 水産総合研究センター養殖研究所日光支所公式ホームページから

　

　中禅寺湖を中心とした奥日光湖沼群を対象とした研究として公表されたもののうち最古のものは、1889年（明治22年）奈佐忠行著中禅寺湖（地学雑誌）である。

　日光支所に保管されている1908年（明治41年）の公文書「第1期日光養魚場報告」では当時の日光養魚場の放流事業、中宮祠湖（当時の中禅寺湖の呼び名）の現況などが記されている。

　

　

　1993年（平成5年）、水産庁養殖研究所が日光支所を中心に行なわれた研究成果を文献目録としてまとめている。この文献目録では研究分野を16に分類している。年度別に研究分野をまとめたのが、図4-5-1である。

　

　図4-5-1を見ると、各年度毎にだいたい5〜7種の研究成果がみられ、地域的な関係から冷水性魚類の生理・生態的な研究が多い。これを分野ごとに分けて図4-5-2に示す。

　

　最も多い関係論文は河川湖沼学で、特に1966年（昭和41年）から湯ノ湖をフィールドとして、日本学術会議の国際生物学事業計画（IBP）特別委員会の下部機構陸水群集生産力分科会が、文部省特定研究費「生物圏の動態」を受けて1966年（昭和41年）から実施した研究成果が多く含まれている。

　

　この研究は「湯ノ湖の生物群集の生産力に関する研究」として、約45編が掲載されている。他の分野では主にサケ・マス類の遺伝・育種についての研究内容が多く、特に平成元年前後に集中する。これは1980年代から急速に発展した遺伝子解析技術の進歩と対応している。昭和40年代（1965-1974）には親魚養成、50年代（1975-1984）に生理・放流・飼料と研究が多岐に亘っており、研究内容の大部分が日光支所でのサケ・マス類に関連した研究内容といえる。昭和40年から50年代ではサケ・マス類の生産機構・管理が中心課題となっており、50年代には環境保全が組み込まれている。1980年（昭和55年）から現在まで「増養殖技術の基礎の確立」の課題を基に、種苗生産・環境収容力・新品種・大量培養についての研究が行なわれ、1990年代には生体・環境制御技術の研究が実地されている。

　このように、冷水性魚族、特に、サケ・マス類の生理、生態研究については日光支所を中心に実地され、多くの新しい知見、技術が確立され、その成果を基に、特に中禅寺湖では漁場管理、環境管理が実地されている。