九州運輸局管内における旅客航路は、住民の足として、また生活必需物資の輸送手段として重要な役割を果たす離島航路が多いことや、モーダルシフトの重要な担い手として全国的なネツトワークを形成している長距離フェリー航路が発達していること等が大きな特色であるが、何れも国民の生活に不可欠な公共交通機関として極めて重要な役割を果たしている。

　管内における離島航路は104航路で旅客定期航路の69％にも達し、このうち壱岐、対馬、五島、甑島、種子島、屋久島、奄美群島の主要離島にはフェリー及び高速旅客船（奄美群島を除く）が就航しており、地域振興に貢献している。その他の離島航路についても港湾整備の整ったところはフェリーが就航し、現在は船舶の大型化、高速化が推し進められ、着実に航路整備が図られている。しかし、大半の離島では過疎化、高齢化の進行による輸送需要の減少、あるいは燃料費等の経費の増大により航路経営の困難なところも多く、国庫及び地方公共団体による補助金の交付、運輸施設整備事業団との共有方式による船舶建造資金の融資等の措置によってその維持が図られている。

　次に九州を起終点とする長距離フェリーは10航路で全国の約50％を占めている。これらの航路は何れもモータリゼーションが進展するなかで、陸上交通機関のバイパス的役割として昭和43〜48年にかけて開設され、現在30隻の船舶が就航している。また、近年は輸送需要の増大や物流の効率化の進展、環境問題等に対応したモーダルシフトの推進により、大型化、高速化した船舶のリプレースが進んでいる。

　旅客船についても長距離フェリーと同じく大型化、高速化が進み、迅速かつ安全で快適な船旅が楽しめるよう改善がなされている。

　旅客船事業に係る規制緩和の動きとしては、改正海上運送法が平成12年10月1日に施行され、需給調整規制の廃止により、事業者間の競争の促進、事業活動の効率化、活性化を通じて利用者に対する多様なサービスの提供ができることとなった。また、新たに指定区間制度が導入され、離島住民の生活にとって必要不可欠な生活航路については、一定のサービス基準が確保されることとなった。その他、海上タクシー等の事業（12人以下の人の運送をする不定期航路事業）についても、安全の確保、利用者の保護が措置されることとなった。

　また、平成12年11月15日からいわゆる交通バリアフリー法が施行され、旅客船ターミナルについては同日付けで、旅客船については平成14年5月15日から適用され、高齢者や身体障害者等の旅客船を利用した移動が容易かつ安全に行えるように整備が進められることとなった。