流入負荷量や流入淡水量の詳細調査を行う。一次検査では、既存のデータを用い、簡便的に評価を行ったが、二級河川や処理場等の排水・負荷量等を調査し、より正確に淡水の平均滞留時間および負荷量を算定した上で、再度C0(負荷滞留濃度)の評価を行う。評価には一次検査の基準値を用い、基準値を下回るようならば“健康”と診断する。

　

　潮位振幅の減少の一要因として、湾外からの入射波の減少が考えられる。近年問題となっている地球温暖化により全球的な水面の上昇が報告されているが、これに伴い全球的な潮汐振幅の減少が起きている可能性がある。そのため、該当する海湾の外側で、比較的閉鎖性の弱い(外洋に面した)地域での検潮所データを調査し、そこの潮汐振幅の変化と該当する海湾内の潮汐振幅の変化を比較する。変化傾向が同じである場合には、海湾内に問題がある可能性は小さいと判断して、この項目については“健康”と診断する。

　

　一次検査では、透明度の長期的なトレンドをみて変化していない場合のみを“健康”であると評価した。これは東京湾のような富栄養化の進んだ海域で、長期的にみて透明度が上昇している場合についても“不健康”と評価され、二次検査に進む場合のあることを意味している。ここでは、富栄養化が進行している海湾で長期的に見て透明度が上昇し、「物循-4」の評価が“健康”であった海湾については、この項目について“健康”であると診断する。

　

　赤潮の1件当たりの発生日数や赤潮構成プランクトン種、赤潮による漁業被害等の詳細調査を行い、赤潮の海湾に対する影響度合いを見積る。漁業被害がなく、水産関係者にとって有害ではないことが明らかであり、かつ「物循−3」の評価が“健康”である場合には、海湾の基礎生産に異常をきたしているわけではないと判断して、“健康”と診断する。

　

　底質の化学的な分析を実施する。分析項目はCOD、T-N、T-P、強熱減量、硫化物、粒度組成である。化学分析項目で基準値を超える等、高い値が検出されたときは、底質環境の悪化が明らかであるので、精密検査に進む。

　底泥中の生物調査と粒度組成調査を実施する。詳細な生物調査の結果、ごくわずかの貧毛類やヨツバネスピオなどの強内湾性汚濁指標種しか出現せず、粒度組成調査結果においてシルト分が大半を占めるような場合には、無生物化が進行していることが明らかであるので、精密検査を行う。

　

　【生態系の安定性】の評価項目と同様の考え方で、0.5mg/L以下の無酸素比率(無酸素域の面積比率)が現れる月数(ここでは無酸素状態となって出現する月数)が1年間のうち何ヶ月であるかを計数した。計数結果例を図IV-4に示す。

　この例から、東京湾において無酸素水塊が現れる期間が多く、継続的に、1年のうち半年程度は無酸素水塊が生じていることがわかる。

　伊勢・三河湾に関しては、【生態系の安定性】の評価項目で検討したように、貧酸素比率が50％を超える期間は3ヶ月程度続いており、東京湾と同じレベルであったが、無酸素水塊に関しては、東京湾より大幅に少ない結果となっている。

　大阪湾は1980年代には夏季の1ヶ月程度は無酸素水塊が現れていたが、近年は見られなくなっている。

　周防灘と有明海に関しては、無酸素水塊はほとんど見られていない。

　ここでは、無酸素水塊の発生が1年のうち1ヶ月以下であり、「物循-5」が“健康”であると診断されている場合には、“健康”であると診断する。

　

　この項目は“除去”について評価する項目であるため、底生系魚介類の漁獲減少においてどのような理由が背景にあるにせよ、除去量が減少しているのであれば、“不健康”と診断し、精密検査を行う。したがって、再検査は行わない。