港湾EDIシステムは、海上保安庁や各地方自治体の港湾管理者への手続を行っているものですが、これを平成13年度目途にNACCSと接続する予定でいます。接続されますと、海上保安庁・港湾管理者・税関といった官署へ入出港届を同じ端末機から行えるようになり、ワンストップ化の特徴が大きく出てくるものと考えられます。
通産省の外為法輸出入許可・承認システム(JETRAS)との接続は、平成14年度目途に計画されています。
また、構想としては法務省入国管理局の「船舶等の乗組員に関する上陸許可手続き」との接続も考えられています。