しかし、それは、排他的経済水域においても、沿岸国との競合管轄権を認める限りで制限をうけながらも、航行の自由が旗国主義により担保されていると解することによって、説明することは可能であった。
けれども、漁船については、排他的経済水域においては、法令制定権も執行管轄権も沿岸国の主権的権利の具現であり、漁船が漁業活動に着手したり漁業法令違反を行った時点で、航行の自由を失い、旗国主義による航行の自由の担保も消滅すると解することができる。もしそうであるとすれば、漁業法令違反を行った漁船について、早期釈放制度を認める根拠である、上に確認した内容をもつ航行利益は、航行の自由とは別個に、船舶が(その国際法上の享受主体は旗国であるが)もつ利益と解する他はない。海洋汚染船舶についても、早期釈放制度が認められている。早期釈放制度以外の、沿岸国の執行措置に関する制限は、船舶の排他的経済水域上の航行の自由と旗国主義との拮抗によって説明しても、早期釈放制度については、漁船と同様に航行の自由とは別個に船舶がもつ航行利益を保護する制度であると解することもできなくはない。
ところが、この早期釈放制度と航行利益の保護をめぐっても、国連海洋法条約には、首尾一貫性が欠如しており、その理由は不明である。
第一に、領海上で海洋汚染を行った船舶について、有害通行に対して25条や27条の措置が取られるとすれば、27条4項の「航行の利益」の考慮を除いては、航行利益の保護に関する規定はない。ところが、220条2項の措置を取る場合には、第12部第7節の保障措置の規定の適用がある(228条の旗国優先の適用がないことは、上記のとおり)ので、早期釈放制度が担保されることになる。つまり、220条2項の適用のある外国船舶による海洋汚染が、25条や27条の適用対象と重なる可能性は否定できないにもかかわらず、220条2項の適用がある場合にのみ、早期釈放制度の適用があるという一貫しない結果になる。国連海洋法条約の第2部第3節と第12部の執行関連規定の関係を、一般法と特別法と解するのか、また、220条2項の「関連する規定の適用を妨げることなく」という限定をいかに解するのかなどは、すでに検討したので繰りかえさない。
