(7) 事務局
事務局発足の当時は、九州海運局職員の兼務で、事務局長、幹事2名、書記2名の計5名であったが、昭和23年6月30日に専任職員として書記1名、事務員2名が発令され、さらに昭和24年2月1日には専任事務局長が発令された。同年6月1日には兼任の幹事、書記が解任され、国家行政組織法第3条に基づく運輸省の外局として専任の職員だけで運営されることになり、その後事務局に次長制が実施されたが、係制(2係)が廃止される等、幾多の変遷を経て今日に至っている。現行の構成は次のとおりである。
事務局長――次長――船員労働専門官(2名)