国内輸送コストについてみると、表3-4-4の通りとなる。
このうち、コンテナのまま輸送している企業は6社(1、7、14、15、16、19)ある。これらの国内輸送コストを比較すると(ただし7については、詳細不明のため検討から除く)、長崎港を利用している1社(16)は、20ftコンテナ1本分の輸送コストが0.2万円であるのに対し、博多港、北九州港、下関港を利用している残り4社(1、14、15、19)については、20ft、40ftを問わず、6〜8万円となっている。
一方、積卸港でバンニング/デバンニングする場合は、上記とほぼ同等の輸送コストの場合もあるが、トラック2台利用となるため、2倍程度の輸送コストがかかっている場合もある。なお、長崎県3]では、長崎港利用にもかかわらず、6万円の輸送コストがかかっている例もあるが、これも長崎港でデバンニングしており、また、長崎県3]のエリア内でも比較的長崎港から離れた地域に立地する企業である。
