1) 港湾管理者の長の業務
港湾区域および港湾隣接地域の管理、公有水面埋立法に基づく埋立の免許、臨港区内の構築物の建設の制限、港湾活動の円滑化・活性化を図るための行政等。
2) 港長の業務
海上保安庁が所管する港長は、港則法の定めるところにより、特定港内における船舶交通の安全および港内の整頓に関する事務を行う。特定港以外における一定の事務については、管区海上保安部の事務所の長が行う。港則法に定める事務としては、入港届の受理、鋸地の指定および入港制限、危険物積載船に対する指揮、工事許可、等がある。
3) 大蔵大臣、税関長の業務
大蔵大臣または税関長は、関税法に基づき関税の賦課および徴収ならびに貨物の輸出入についての税関手続きの処理に関する事務を行う。また、とん税法に基づく事務を行う。これらのうち、港湾行政として行う主な事務としては、外国航路船舶と内陸交通との間の貨物の積み卸しを行う場所の指定、指定保税地域の指定、保税上屋の許可、保税倉庫の許可、とん税の徴収、などが挙げられる。
4) 検疫所長の業務
検疫法の規定に従って行うもので、伝染病の病原体が船舶を介して国内に侵入することを防止すると共に、船舶に対してその他の伝染病を予防するために必要な事務。
5) 入国審査官の業務
出入国管理法に基づいた出入国の管理に関する事務。
6) 家畜検疫官の業務
家畜伝染病予防法の規定に従った、家畜の伝染病の発生を予防し、これが蔓延することを防止するための事務。
7) 植物防疫官の業務
植物防疫法に基づいた、輸出入植物を検疫し、植物に有害な動植物を罪除し、その蔓延を防止するために必要な事務。
また、この他に港湾における運輸活動に関する行政がある。これは運輸大臣または地方運輸局長の行うもので、以下のとおりである。
