CGIを用いて呼び出されるコマンドは、基本的にはどのような言語で書いてもよいが、一般的には、次のような言語が用いられている。
?@シェルスクリプト
shとcshがよく用いられる。どちらもUNIXのコマンドの組み合わせであり、UNIXのコマンドを理解している者であれば簡単に記述できるが、高度な機能を要求する場合には不向きである。
?AC（C++）言語
プログラミング言語であり、文法などを理解するためには多少の時間が必要である。また、コンパイルなどの作業が必要となるが、実行速度はかなり速く、高度なプログラミングが可能となる。
?BPerl
Cと同様にプログラミングが可能であるが、一般的にはC言語ほど理解するのに時間はかからない。ただし、C言語と比較した場合に実行速度が遅く、メモリーを必要とする。
イントラネット上のアプリケーションがインタラクティブな環境を実現することにより、Webを庁内システムとして利用するメリットが認識され、様々な企業でイントラネットの構築が進められている。
しかし、CGIを用いることにより、Webサーバからデータベースにアクセスすることは可能ではあるが、データベースヘのアクセスごとに外部プロセスを稼働させるため、Webサーバの規模が大きくなるとアプリケーションのパフォーマンスが低下するという問題が生じる。
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