船腹調整制度の問題は、平成7年6月の海運造船合理化審議会答申、さらに、平成7年12月の行政改革委員会の意見を経て、平成8年3月の規制緩和推進計画の改定で「モーダルシフト船は、平成10年年度末までに船腹調整事業の対象外とする。その他の船舶は、荷主の理解と協力を得ながら、5年間を目処に所要の環境整備に努め、その達成状況を踏まえて同事業への依存の解消時期を図る。」という内容が閣議決定された。
そこで、運輸省では、平成8年4月に総連合に対して、船腹調整事業への依存の計画的解消に向けた環境整備の推進のため、5年間を目途に達成を図る環境整備の全体計画及び平成8年度の実施計画を決定するように指示し、総連合は、平成8年6月に全体計画として「環境整備の計画」さらに平成8年7月に「平成8年度の実施計画」を取りまとめ、運輸省へ提示した。