経営上の問題点で、非常に問題であると回答している割合高いのは「船員の高齢化」、「適正な運賃収受ができない」、「不況、円安等による荷主の運賃値下げ要求が厳しい」、「船員の高齢化による内部コストの上昇のなかで荷主から適正連貨収受できない」となっている。また、輸送量の減少により、「船舶の稼働率の低下（用船）」も指摘されている。
　「その他」としては、「船舶の老朽化と船腹調整の問題」、「金融機関による営業権の不評価」「運賃のダンピング激化」等があげられている。

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