ジェットフォイルの船内は2階建てであるが、1階席を利用すれば、階段での上下移動は不要である。また、バリアフリー法準拠ではないが、高齢者や子ども連れ、妊婦等のための優先席が設けられている。

　また、事業者では、利用者の要望を採り入れるため、ターミナルビルに「ご意見箱」を設置し、船に対する要望を受け付けている。

　

　福岡市内からの帰路でフェリーを利用する場合には、ダイヤの設定上、芦辺港を利用するケースが多くなるが、現在の旅客船ターミナルでは、エプロンを横切る形でトラック等が通るため、ターミナルビルと一体となった覆いつきのボーディングブリッジ風のタラップが設置されている。このため、乗船経路の幅が広く、段差もないので、舷門とターミナルビル内の間の移動は比較的容易であるが、フェリーの舷門口が狭く、また、前述したように、船内はすぐ急な階段になっているため、足の悪い人でなくても大変である。現状では、一人で歩けない利用客は背負ったり、車いすごと持ち上げたりして対応している。

　芦辺港のターミナルビルは、2007年3月供用開始を目標として建て替えが計画されており、新ターミナルビルにはボーディングブリッジが設置される。

　すでに建設に向けた入札の段階に入っており、当然のことながらバリアフリー法に準拠したものとなる。ターミナルビル改修時には、有識者を含め20人程度が参加する「壱岐市漁港港湾整備促進委員会」において検討が行われるが、住民からの意見の吸い上げ等を行う機会は特に設けられなかった。

　

　芦辺港と壱岐島内を結ぶ路線バスについては、郷ノ浦港のところで述べたとおりだが、壱岐から福岡市方面へ行く場合に、行きは郷ノ浦港まで自家用車でアクセスし、帰りは芦辺港着の便を利用するため、芦辺港からバスを利用して郷ノ浦港まで戻り、そこから自家用車で自宅に戻るというケースでの利用もみられる。

　

　印通寺−呼子航路は、2007年に呼子港から唐津港への航路変更に合わせて、フェリーの大型化が予定されている。それに伴って、印通寺港においても、ターミナルビルを増改築してボーディングブリッジやエレベーターなどのバリアフリー施設を設置する予定になっている。待合室入り口付近等は、数年前に部分的にバリアフリー化改修を行っており、既存施設に継ぎ足す形での改修工事になる。