赤潮に代表されるプランクトンの異常発生は、海湾の富栄養化の度合いを示す重要な項目として、従来のモニタリングでも考慮されている。また、透明度のデータと同様に海湾の基礎生産の観点から基礎生産の異常性を評価する項目となる。

　

　赤潮発生件数のデータは各自治体の水産部局で整理しているはずであり、これらの組織から入手可能であると考えられる。またそれ以外でも主な海湾であれば環境省発行の環境白書等に整理されていることがあるので、これらから入手する。

　

　整理する項目は赤潮発生件数および赤潮発生のべ日数とする。

　

　「海の健康度」の評価基準は以下のよう設定する。

赤潮が発生していないこと。

　

　赤潮発生の推移を検討するために図II-19には赤潮発生件数の推移を、図II-20には赤潮発生のべ日数の推移を示した。その結果、発生件数でみると東京湾では横ばいもしくは微増であり、伊勢湾・大阪湾・周防灘では減少傾向にある。しかしながら有明海では近年増加傾向であった。

　延べ日数を合わせてみると、伊勢湾では件数は減少しているのにも関わらず、延べ日数はあまり変化していない。これは赤潮減少の長期化を示している。また、有明海では延べ日数も件数同様に増加している傾向にある。

　

　赤潮発生件数やのべ日数の調査は、各自治体で独自の方法により行われている。そのため、各海湾の情報を横並びに評価することは難しく、あくまで、その海湾におけるトレンドとして評価を行う。