また、水田や水辺の生き物であるカエルやトンボホタルなども、農薬の使用と河川の汚染、開発などによって次々と姿を消しています。生き物にとってはその生息場所、生息環境が安定して確保されていることが、最も重要な条件です。私たちの「里山管理」の目的の一つには、“身近な生き物”を守ることです。それは彼らの数千年にわたる棲息環境であった、里山を保全することが重要であるとの認識によるものです。
同様に、オオムラサキやカブトムシ、ホタルなどの昆虫や、その他の小さな生き物たちについても、人と自然との歴史的なかかわりの結果、しかるべくしてその生息環境に適応しているものと言えます。日本の生き物は、水田や溜池、河川そして集落近くの雑木林(里山)に多く棲息しているのが特徴であり、これらの農村的な自然の要素をセットとして保全することが、身近な自然の生態系を保全する上で最も重要なことです。