普通の食用油の主な成分は、一つのグリセリンに三つの脂肪酸が付いた「トリアシルグリセロール」です。これに対してエコナの8割以上は、一つのグリセリンに二つの脂肪酸が付いた「ジアシルグリセロール」です。脂肪酸が一つ少ないために、トリアシルグリセロールを主成分とする中性脂肪になりにくいのです。
ジアシルグリセロールは分子構造に欠けている部分があるために、油でありながら水と馴染みやすい性質があります。このためエコナを料理に使った場合、天ぷらをカラッと揚げてもしばらくすると、しんなりしやすい、ドレッシングに使うと分離しにくいなどの特徴がありますが、ほとんどの点で普通の食用油と変わりはないそうです。