軸と経緯線の表示設定 XYZ軸チェックボックスを選択すると三次元目次ウィンドウ上に座標軸が表示される。経緯線チェックボックスを選択すると画面上にグローブの外径を表わす円が表示される。立体目次モデルアプリケーションを起動したときはこれらチェックボックスは選択されている。
象限 象限チェックボックスは各象限の表示/非表示の切り替えを行なう。象限チェックボックスのI〜VIIIの各チェックボックスを選択すると対応象限に含まれる点群が表示される。0は中心の点に対応する。立体目次モデルアプリケーション起動時の各象限チェックボックスは全て選択されている。つまり、起動時の設定のままデータファイルを読み込んだ場合は、全ての象限が表示される。
分野点 分野点チェックボックスを選択すると、グローブ内の全ての分野点が表示される。表示させたくない場合は、選択を解除すれば(もう一度左ボタンクリックすれば)よい。立体目次モデルアプリケーションを起動したときは、このチェックボックスは選択されている。
項目点 項目点チェックボックスを選択すると、グローブ内の全ての項目点が表示される。表示させたくない場合は、選択を解除すれば(もう一度左ボタンクリックすれば)よい。立体目次モデルアプリケーションを起動したときは、このチェックボックスは選択されている。
ラベル 常に球チェックボックスを選択すると全ての点群はIDの描かれた球体として表示される。常にラベルチェックボックスを選択すると全ての点群の表示がラベル表示に切り替わる。選択時にラベルチェックボックスが選択されているときは、二次元または三次元目次上で選択された点と関連する点群のみがラベルで表示される。
シナプスの表示設定 常に表示チェックボックスが選択されていると点群の選択に関わらず全てのシナプスが表示される。常に非表示では、逆に全てのシナプスが非表示となる。表示設定がされている場合は強度チェックボックスが表示され、1、2、3以上の各チェックボックスをチェックすることによって対応した強度のシナプスが表示される。立体目次モデルアプリケーションを起動したときは常に表示チェックボックスが選択されており、全ての強度のチェックボックスが選択されている。