以下の費用負担の試算については、
・メガフロート事業費……185億円(50年間分のメンテナンス費用5億円を除く)
・埋立て費用見積額……270億円
を用いる。これらの費用については、2章でも触れているとおり、多くの前提を考慮するなかで、類似施設の建設実績を参考にして試算したもので、将来的に制度上の整備が進み、導入機能や設計基準・安全基準などの前提条件が具体化すると、見直しが必要となる。
各施設整備の事業費は、それぞれの用地面積の比により按分して算出する。上記の事業費には、道路橋製作・設置や泊地浚渫などの附帯工事費などが含まれているため、メガフロートの機能毎の面積按分は、これらの附帯工事を除いたメガフロート164.5億円、埋立て251.4億円を基礎数値とする。メガフロート、埋立ての両者とも、面積計は8haであるが、メガフロートは内部空間の有効利用を構想しており、それらの施設用地の延べ面積合計は16haとなるため、分母にはこの数値を用いる。(埋立ての試算は、8haをそのまま使用する。)