EDIFACTにおける一般的なセキュリティ構造では、『セキュリティ･グループ･ヘッダー』の情報として、セキュリティ･サービスの種類、暗号方式、ハッシュ関数の種類、および公開鍵暗号方式の場合は認証局が発行する公開鍵認証書内容を指示します。これらのパラメターで指示されたセキュリティ機能は、後ろに続くメッセージ内容に対して施され、結果を『セキュリティ･グループ･トレーラー』に入れます。すなわち、ハッシュ演算の値やデジタル署名となる暗号計算結果をセットします。
以上がEDIFACTセキュリティの一般型ですが、EDIFACTシンタックス･ルールには、更にメッセージ認証用メッセージや鍵を管理するための特別なメッセージがサービス･メッセージとして提供されています。
