図3-1で判るように微生物は、原核生物(Procaryote)と真核生物(Eucaryote)とに大別されます。原核生物と真核生物との違いは、遺伝情報の複製や情報の実施を行う機能を持つ核(Neucleus)といわれる司令塔部分が変幻自在なものを原核生物、核の周囲を膜で包み専門化しているものを真核生物と言います。尚、遺伝情報をつかさどる染色体(Chromosome)の数は、原核生物は1本しかないが、真核生物には複数個あります。
微生物の種類と数はめちゃめちゃに多いのですが、うまく特徴を捉えて名前をつけて他のものと区別し、分けてやる必要があります。我国では和名と学名(Scientific Name)が用いられています。学名は属名(Genus)と種名(Species)との2つで表されます(表3-1)。この表記の方法を二名法(Binominal Nomenclature)と言いますが、これは丁度、教職員組合の(属名)××支部(種名)を表しているようなものです。そして更にその中の特定の個体を識別するために、株という名称を二名法の後につけることもあります。