1989年6月8日の政令で専門技術的な介入を任務とする海運省港湾監督事務局の一部門に、当局の分隊として「沿岸警備隊」が創設された。
その後、1994年の行政改革の一環で運輸省(鉄道、自動車、航空関係行政を所管)と海運関係行政を所管していた海運省が統合され運輸・海運省となり、そのうちの港湾監督事務総司令部が沿岸警備隊業務を所管することとなった。
(3) 指揮命令系統及び他省庁との協力関係
業務の内容に応じて運輸・海運省及び国防省の指揮を受けるが、次の機関とは業務内容に応じて協力関係にある。
環境省、農業政策省、内務省、文化・環境財産省、財務省、人権保護局及び地方自治体
(4) 任務
本総司令部が遂行する軍事及び民事に関わる多様な職務は次のとおり。
イ 海上安全及び警察業務
港長業務、航行安全、海難救助、沿岸海域における警察業務、海洋環境保護業務であり、所管形態から細分化すると次のとおり。