インドネシア商船隊は、同国の海上貿易構造及び地理的に不利な状況下、世界の海上貿易体系上、アジア近隣海上輸送とフィーダー輸送に専念せざるを得ない状況にあり、最近数年間の同国海上貿易量でのインドネシア船輸送実績は僅か数(2─3)%に低迷している。
また、同国の商船隊は、近代的かつ競争力のあるコンテナ船の保有に努力しているが、中古船購入主体の旧来の体制もあり、老齢化し近代的な船舶と太刀打ちできない。
同国の船社体制には、引き続き国営海運会社を擁しているが、民営では、Samudera Shippingのようにフィーダーの提供に徹し、堅実に航路を拡大しながら、健全に成長しつつあるものもある。