経営上の問題点について「非常に問題である」と回答している割合が高いのは、「用船料の低下」、「船員の高齢化」、「建造船価の高騰」、「用船契約条件の低下」などである。用船契約条件の低下」について具体的にみると、「年末・年始・ゴールデンウィーク等の要船料のカット」、「夏休み、冬休みを強制的につくられ用船料が差し引かれる」、「過当競争による運賃低下」、「用船料は形式上は協議であるが、実際は強制的値下げ」といったように「用船料の低下」に関するものとなっている、
「その他」としては、「船員不足」、「老朽化による新船新船構造を考えているが、船価が高い」、「需要と供給のバランスのとれる景気の回復」、「内航運送業者の意のままに契約更新がなされている」、「営業権利金の低下」、「若年船員の育成と年金受給者の就労可能な体制作り」、「借入金の利子の引き下げ」、「借入ができない」など様々な課題を抱えている。
アンケート、ヒヤリング調査からは、内航運送業者よりも船主である内航船舶貸渡業者の方がかなり経営状態が苦しい状況が窺える。
