市町村は交付金の交付に当たっては、農地法（昭和27年法律第229号）、農振法、基盤強化法等関連諸制度との調和を図るとともに、次に掲げる施策と連携しつつ、耕作放棄の防止等に努めるものとする。

1 農業の生産基盤の整備に関する施策

2 農業の経営構造改善に関する施策

3 農産物の生産体質強化、農産物の需要の動向に即した生産の誘導に関する施策

4 畜産経営の生産基盤の整備に関する施策

5 農村における環境整備及び生活の改善に関する施策

6 農村と都市との交流に関する施策

7 遊休農地の解消による優良農地の確保に関する施策

1 国は、交付金の交付が計画的かつ効果的に推進されるよう都道府県に助言するとともに、交付金の交付状況の点検及び効果の評価、特認地域及び特認基準についての調整等を行う中立的な第三者機関を設置する。

2 都道府県は、交付金の交付が計画的かつ効果的に推進されるよう市町村及び関係団体に助言するとともに、交付金の交付状況の点検、市町村の対象農用地の指定の評価、特認地域及び特認基準についての審査検討を行う中立的な第三者機関を設置する。

　実施期間は平成12年度から平成16年度までの5年間とする。

　国は、毎年度、予算の範囲内において、市町村が交付金の交付に要する経費のうち、第6の3の（2）のア及びイの表中（1）により算定された額に相当する額として都道府県が資金を積み立てるための経費につき、交付するものとする。

　市町村長は、毎年度、4月末日までに前年度の交付金の交付実績を都道府県知事に報告し、都道府県知事は報告をとりまとめの上、5月末日までに地方農政局長（北海道にあっては農村振興局長、沖縄県にあっては沖縄総合事務局長）に提出する。

　市町村長は、集落協定を認定した場合には、その概要を公表する。また、国、都道府県及び市町村は、毎年、集落協定の締結状況、各集落等に対する交付金の交付状況、協定による農用地の維持・管理等の実施状況、生産性向上、担い手の定着等の目標として掲げている内容及び当該目標への取組状況等直接支払いの実施状況を当該実施年度の翌年度の6月末日までに公表する。

1 市町村長は集落等の取組状況を評価し、その結果を都道府県知事に報告することとする。

2 都道府県知事は市町村長からの報告内容を、中立的な第三者機関において検討し、評価するとともに、その結果を地方農政局長（北海道にあっては直接、沖縄県にあっては沖縄総合事務局長）を経由して農村振興局長に報告することとする。

3 農村振興局長は都道府県知事の報告を受け、中立的な第三者機関において交付金に係る効果等を検討し、評価するとともに、中山間地域農業をめぐる諸情勢の変化、協定による目標達成に向けての取組を反映した農用地の維持・管理の全体的な実施状況等を踏まえ、5年後に制度全体の見直しを行う。ただし、必要があれば、3年後に所要の見直しを行う。

　交付金の交付の実施に関し必要な事項は、この要領に定めるもののほか、農村振興局長が別に定めることとする。