米国は陸から200マイル沖合いまでの排他的経済水域の管轄権を設定しているが、当該水域は領海外にあるという理由で、内航法の適用対象とは見なされない。

内航保護の使命と目標を大上段に構える一方で、ジョーンズ・アクトは特定の市場と国家安全保障要件を満たすために、例外を認める数々の法律により修正されている。中でも市場のニーズは国家安全保障よりも重要視されている。同法には次のような永久的修正が付け加えられた。

　

・同法のユーコン川に対する適用を制限する。

・米国籍船社がサービスを提供していないアラスカ州南東部とその他の州との間の商品輸送をカナダ輸送会社に認める。⁹

・外国が米国に対して互恵待遇を与えている場合、空の貨物コンテナ、シッピングタンク、LASH及びSeabeeバージ及び同等の機器の輸送を認める。¹⁰

・外国が米国に対して互恵待遇を与えている場合、外航輸送において外国籍バージによる、商品の外国籍船への輸送を認める。

・特定の外国建造、米国所有、航洋焼却船への適用を除外する。¹¹

　

議会はまた、特定の短期的ニーズに応えるために、暫定的適用免除を定めている。このような暫定的免除には次のようなものが含まれる。

　

・1年間に限りプエルトリコへの材木輸送へのジョーンズ・アクト要件適用を除外する。¹²

・ニューヨーク州Ogdensburgからの石炭、米国港湾からの鉄鉱石、五大湖の穀物輸送にカナダ籍船の使用を認める。¹³

　

9　46 U.S.C. App. 289b(1988)

10　Pub. L. No. 89-194, 79 Stat. 823(1965); Pub. L. No. 90-474, 82 Stat. 700(1968)

11　Pub. L. No. 97-389, 502, 96 Stat. 1954(1982)

12　Merchant Marine Act Amendmets of 1962, Pub. L. No. 87-877, 4, 76 Stat. 1200, 1201(1962)

13　Act of Aug. 7, 1956, Pub. L. No. 1019, 70 Stat. 1090, ch. 1028(1956);

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