神戸海運監理部若しくは海運支局)の行う船舶の総トン数の測度を受けなければならない(船舶法第4条)。
(2)登記を行い，更に船籍港を管轄する管海官庁に船舶の登録を行わなければならない(船舶法第5条)。なお，登記については，船舶登記規則及び船舶登記取扱手続において規定されている。
(3)船舶国籍証書又は仮船舶国籍証書の交付を受け，その後でなければ航行及び国旗の掲揚をすることができない。ただし，航行認可書の交付を受けた場合はこの限りでない(船舶法第6条)。
(4)船舶の修繕又は改造による船舶の総トン数の改測を受けなければならない(船舶法第9条)。
(5)船舶所有者が変更したときは，船舶国籍証書の書換の申請をした後でなければ，船舶を航行できない。ただし，その事実を知った日より2週間はこの限りでない (船舶法第6条の2)。
(6)登録した事項に変更があった場合は，その事実を知った日から2週間以内に変更の登録を行わなければならない(船舶法第10条)。
(7)船舶国籍証書の記載事項に変更があった場合は，その書換を受けなければならない(船舶法第11条)。
(8)船舶国籍証書が損傷又は滅失したときは証書の書換又は再交付の申請をしなければならない(船舶法第11条及び第12条)。
(9)船舶が滅失若しくは沈没したとき，解撤したとき又は海外売船等により日本の国籍を失ったときなどの場合には，抹消の登録をし船舶国籍証書を返さなければならない(船舶法第14条)。
(10)指定された期日までに船舶国籍証書の検認を受けなければならない(船舶法第5条の2)。
(11)次に掲げる場合には船舶の後部に国旗を掲揚しなければならない(船舶法第7条)。
(a)わが国の灯台，海岸望楼及び海上保安庁の船舶又は航空機より要求があったとき。
(b)外国の港を出入するとき。
(c)法令に別段の定めがあるとき。
