・国内標準はCII、国際標準はEDIFACTとして、ダブル・スタンダードになる懸念がある。特に輸出入貨物を取り扱う際には、国内輸送においても国際標準への対応が求められるようになる可能性がある。
・国内のEDI標準メッセージは現在試行段階であり、業界によっては必要情報が盛り 込まれていないケースも存在する。幅広い多くの業界で実際の運用を行うことにより、 EDI標準を確立していく必要がある。
＜運用コスト・保守要員の負担＞
・情報システムの運用段階においても、システムが複雑で膨大なものになるにつれ、通信コストや保守コストの負担、保守要員の過大な作業負担などが問題点とされている。
