（1）設備及び性能等
　神栄丸は，平成4年4月に進水した船尾船橋型の鋼製貨物船で，操舵室前面の左舷にレーダー2台，中央に舵輪が備えられた操舵装置，右舷に機関制御装置が並び，右舷前方壁面にGPSプロッターが取り付けられ，後部の左舷には海図台，後部右舷にはソファーが備えてあった。

（2）本件発生に至る経緯
　神栄丸は，A受審人及びB指定海難関係人ほか1人が乗り組み，スクラップ鉄580トンを積載し，船首2.2メートル船尾3.3メートルの喫水をもって，平成17年3月3日17時00分尼崎西宮芦屋港を発し，水島港に向かった。
　A受審人は，出港から明石海峡航路途中まで自ら操船し，日没時には所定の灯火を点灯したのち，19時20分明石海峡航路内で昇橋してきたB指定海難関係人に播磨灘推薦航路をたどるよう指示して当直を引き継いだ。このとき，A受審人は，B指定海難関係人が夜間の瀬戸内海での単独船橋当直を行うことに自信がないことを聞いていたが，広い海域で前示推薦航路をたどるのであればB指定海難関係人でも無難に同当直を遂行できるものと思い，不安や眠気を感じたときには，報告するよう指示をしないまま，自室に下りた。
　ところで，船橋当直を引き継いだB指定海難関係人は，前々日の広島港での乗船後，自身の単独船橋当直の技量に不安を感じて，A受審人にその旨報告していたが，配慮してもらえなかったので，不安が高まり，前日及び当日の休憩時間に十分な睡眠をとることができなかった。
　19時30分B指定海難関係人は，江埼灯台から310度（真方位，以下同じ。）1.8海里の地点に達したとき，A受審人からの推薦航路をたどるようにとの指示を聞き漏らしていたので，GPSプロッターに残っていた前回の広島からの航跡を逆にたどるつもりで，針路を285度に定め，機関を全速力前進の9.3ノットの対地速力として自動操舵により進行した。
　20時10分B指定海難関係人は，江井ケ島港西防波堤灯台から245度3.3海里の地点に至ったとき，眠気を催したので，船橋左右のドアを開閉して冷気を入れたり，体を動かしたりして眠気を払拭しようとしたが，A受審人に対して眠気を催した旨報告し，2人当直とするよう進言しないまま，いつしか右舷側のソファー上で居眠りに陥った。
　こうして，B指定海難関係人は，蔓島西方沖合の水上岩に向首したまま続航して，22時28分神栄丸は，蔓島灯台から260度1.5海里の地点の水上岩に原針路原速力で乗り揚げた。
　当時，天候は晴で，風はなく，潮候は上げ潮の初期で，視界は良好であった。
　乗揚の結果，球状船首に破口を生じてフォアピークタンクに浸水したが，のち修理された。