FRP船リサイクルの開始にタイミングを合わせて、関係地方自治体（対象：岡山・広島・山口・香川・愛媛・福岡・佐賀・長崎・大分・熊本の10県）が行う不法投棄・小型船舶の処理及び再放置防止措置に対して支援金を交付し、放置船対策の促進を図った。

　初年度（2005年）はFRP船リサイクル構築のための廃棄物処理法に基づく広域認定の取得からシステム運用開始までの期間が短かったため、地方自治体への十分な周知が行えなかったが、3県76隻の不法投棄船の処理を実施することができた。

　2006年度は、こういった実態を考慮し、通常の支援方法（通常スキーム）に加え、再放置防止措置の実行を促すべく新たに支援率の高い支援方法（一掃スキーム）を加えることにより、さらに効果的な支援制度とするとともに、地方自治体等に対しする積極的な周知を実施した結果、通常スキーム（177隻・7県）一掃スキーム（13隻・2県）の不法投棄船処理を行うことができ、当初目標の158隻に対し2年間で266隻の不法投棄船の処理を実施した。

　また、一掃スキームにおいては広島県福山地域事務所管内の横田地区において2年間に渡って処理を行い、30年近くにわたって放置されてきた不法投棄船を一掃し、昔の美しい浜を取り戻すことができた。再放置防止措置としては、地元自治会の定期的な浜清掃や地元小学校の児童が描いた不法投棄防止を願った看板が完成し、地域住民一体となった環境問題に対する取り組みがなされるようになった。（詳細は別添「一掃スキーム実施に関する報告書」）