運航ダイヤについては、若松-佐尾航路は1日5往復、若松-荒川航路は1日6往復(そのうち朝の通学時は若松-郷ノ首の往復)であったが、航路再編により若松-郷ノ首航路が1日8便運航され、若松への中学生、白魚への高校生、若松への通院者、若松〜福江間を運航するフェリーとの連絡を目的としてダイヤが組まれている。
大平-若松航路は1日4便(そのうち始発便と最終便は若松への通勤、通学に対応した片道運航)で、冬期になると小河原港へは寄港しない。また、若松小中学校の予定に応じて昼間の運航ダイヤが変動する。
鵜ノ瀬-有福航路は1日7往復(平日)だが、中央小、若松中、中五島高校の予定に応じて運航ダイヤが変動する。
