航行区域は、下記の4種に区分されている。
(1) 平水区域……湖、川及び港内並びに特定の水域
(2) 沿海区域……北海道、本州、九州、四国及びそれに属する特定の島、朝鮮半島並びに樺太本島(北緯50度以北の区域を除く。)の海岸から20海里以内の水域及び特定の水域。
(3) 近海区域……東は東経 175度、西は同94度、南は南緯11度、北は北緯63度の線により囲まれた水域
(4) 遠洋区域……すべての水域
航行区域は、技術基準に対する船体、機関、設備等の適合状況によるほか、船舶の長さ及び最高速力等を標準として定められる。
