これまで13回ほど「エルニーニョ現象」が現れていますが、それらの影響を見ると、インドネシアからインドにかけては干ばつで、森林火災が発生、南米ではコーヒ園に被害、ケニアでは洪水、アルゼンチン、チリでは大雨、カナダからアメリカの太平洋岸では暖冬、アメリカ南部では低温・多雨などの現象が現れています。
また、日本では「エルニーニョ現象」が現れると、夏の気温が低く、冬の気温が高く(4割程度)、梅雨明けが遅れる(4割程度)傾向があります。
「エルニーニョ現象」の予測に関しては、船舶による海洋観測の他に、最近では太平洋の赤道付近に70個の係留ブイ(TAOブイ)が設置され、太平洋赤道域で常時水温の立体観測ができるようになってきたため、海水中の現象をよく把握でき、予測が技術的に可能になってきました。