また、これら以外の関連する規制として「船腹調整」がある。船腹調整は法律に基づく規制ではないが、日本内航海運組合総連合会が運輸大臣の認可を受けた「保有船腹調整規程」等に基づいて昭和41年から実施しており、独占禁止法の適用除外カルテルの一つとなっている。内航船を新たに建造するためには、一定の比率(引当比率)による既存船の解撤を求めるというスクラップ・アンド・ビルド方式による船腹建造方式であり、内航RoRo船の場合、この引当率が1：1となっている。
さらに、「港湾荷役」については、港湾運送事業法が適用され、需給調整規制の下で免許を受けた港湾運送事業者以外の者はトレーラーシャーシや商品車の積み卸しができないこととされている。
2)内航RoRo船に係る規制緩和の方向
近年、内航海運に係る物流の効率化・高度化に対する荷主ニーズが高まってきている中、また、中長期的に自己責任と市場原理に立った経済社会を実現しようとする立場から、規制緩和の一環として、船腹調整規制を含めた独占禁止法適用除外カルテルについて「5年以内に原則廃止する観点から見直しを行い、平成7年度末までに具体的結論を得る」ことが政府の方針とされた(平成6年7月5日 閣議決定)。
これを受けて、特にモーダルシフトの受け皿となる船種(内航RoRo船も含まれる)について、速やかに船腹調整事業の対象外とすることとされ(平成7年6月5日 海運造船合理化審議会答申)、その期日は「規制緩和推進計画の改定について」(平成8年3月29日 閣議決定)において、「平成10年度末まで」とされた。
しかしながら、同計画では内航RoRo船等モーダルシフト対象船以外の船舶の船腹調整事業解消時期については、「荷主の理解と協力を得ながら5年間を目途に所要の環境整備に努め、その達成状況を踏まえて同事業への依存の解消時期の具体化を図る」こととされ、さらに、その一年後の「規制緩和推進計画の再改定について」においては、「同事業の解消の前倒しにつき中小・零細事業者に配慮しつつ引き続き検討する」こととされるのみで船腹調整事業解消問題の今後の進め方が必ずしも明らかにはされていなかった。
このため、内航海運業者の中には新船の建造を見合わせたり、金融機関の内航海運業者への融資態度が慎重になる等の問題が生じてきた。船腹調整事業が長期間行われてきた結果、引当資格に財産的価値が生じており、企業の資産として、また個人の相続にあたっての財産として評価されてきており、この財産的価値がなくなれば内航海運業者の事業経営に悪影響が発生し、ひいては地域経済に大きな影響を与えることとなる。
このため、船腹調整事業を解消するには、既存船の引当資格の財産的価値について所要の措
