パラグアイは内陸国であるため、輸出入の貨物輸送の大半(約75%)をパラグアイ川およびパラナ川を利用した河川輸送で行っており、その大部分はアルゼンチンのブエノスアイレス港またはウルグアイのモンテビデオ港で、外航船と河川航船との間の積替えを行っている。
また、パラグアイの主要貿易港であるアスンシオンまで遡行の可能な船舶は、最大2,000G/T程度であり、渇水期には航行の困難となる場合もある。
ウルグアイ川には中小規模の港が7港あり、重要なものとしてはアスシオン港、ビリエタ港、サン・アントニオ港などがある。
パラグアイ川の上流ではコンセプシオン港、パラナ川ではエンカルナシオン港が重要な港となっている。
最近、隣接国ブラジルとのパラナグア港まではトラック輸送を行い、同港の自由貿易地帯を利用する貿易が増大しているが、河川輸送はパラグアイにとって重要な交通手段となっている。
パラグアイの主な保有船主とその保有船舶は、次の通りである。