船を保有するほか、多数の外国船をチャーターして輸送に当っている。
自国商船隊以外に、隣国コロンビア最大の海運会社(Flota Mercante Grancolmbiana S.A.FMG)に対し、エクアドル20%、コロンビア80%の共同出資により、FMGの運営に参加している。
エクアドルは、海上輸送のほかに、グアヤス、エスメラダス、ダウル、ビンセスなどの大河川は、雨季には200マイル上流まで航行が可能で、バナナをはじめ各種大量の農産物の河川輸送を行なっている。
エクアドルの主な船主とその保有船舶は、次の通りである。