実施場所：

中禅寺湖（湖心、中宮祠、松ヶ崎、千手ヶ浜、菖蒲ヶ浜）、　湯ノ湖（湖心、湖尻、流入点）　西ノ湖、五色沼、蓼ノ湖、刈込湖、切込湖、光徳沼の湖心　湯川上流、湯川下流、逆川、外山沢川、柳沢川、白根沢

用具：

水温・DOメーター、北原式採水器、バケツ

方法：

中禅寺湖、湯ノ湖では、直読式の測器を用いて、水温の鉛直分布を測定した後、湖心では3ないし5層、湖心以外の測点では2層から採水器を用いて採水した。その他の湖沼では、湖心で水温・DOの鉛直分布を測定した後、1ないし2層から採水した。また、河川ではバケツを用いて表層から採水した。採取した試料は冷蔵して持ち帰り、分析に供した。　分析項目はpH、DO、NH4−N、NO2−N、NO3−N、PO4−P、T−N、T−P、クロロフィルa等とした。

実施場所：

中禅寺湖（湖心、中宮祠、松ヶ崎、千手ヶ浜、菖蒲ヶ浜）、　湯ノ湖（湖心、湖尻、流入点）

用具：

エックマンバージ型採泥器

方法：

採泥器を用いて、底泥を採集し、泥温、性状、臭気等を測定した後、冷蔵して持ち帰り、分析に供した。　 分析項目は硫化物量、強熱減量、粒度組成とした。

実施場所：

中禅寺湖（4ライン）、湯ノ湖（2ライン）

用具：

スキューバ潜水、水中カメラ、水中ビデオ、サーバーネット

方法：

水際から汀線と直行するようロープを設置し、目視により水生植物の種類及び被度を観察するとともに写真、ビデオ撮影を行なった。不明種については、同定のために数株を採取した。調査範囲は離岸距離100mもしくは水深10mを限度とした。また、水生植物の現存量の定量採集を行った。採取した試料は10％ホルマリン溶液で固定して持ち帰り、分析に供した。分析項目は種の同定、種別湿重量測定とした。

実施場所：

中禅寺湖（湖心、中宮祠、松ヶ崎、千手ヶ浜、菖蒲ヶ浜）、　湯ノ湖（湖心、湖尻、流入点）、　西ノ湖、五色沼、蓼ノ湖、刈込湖、切込湖、光徳沼の湖心

用具：

バンドーン型採水器、北原式ネット

方法：

各湖沼の湖心では、2〜5層、その他の測点では1〜2層（水質分析サンプル採取層と同一）で、バンドーン型採水器および北原式採水器を用いて、動物・植物プランクトンを採集した。試料は、5％ホルマリン溶液で分析に供した。分析項目は、沈殿量測定、種の同定、種別細胞数（植物）、個体数計数（動物）とした。

実施場所：

中禅寺湖（湖心、中宮祠、松ヶ崎、千手ヶ浜、菖蒲ヶ浜）、　湯ノ湖（湖心、湖尻、流入点）、　西ノ湖、五色沼、蓼ノ湖、刈込湖、切込湖、光徳沼の湖岸、　湯川上流、湯川下流、逆川、外山沢川、柳沢川、白根沢、自然の家下流

用具：

エックマンバージ採泥器、サーバーネット、タモ網

方法：

湖心部では、採泥器を用いて採集した底泥を0.5mm目ふるいにかけ、ふるい上に残ったものを試料とした。湖岸、河川では、タモ網を用いて、定性採集を行った。採集にあたっては、瀬、淵、水際の植生等、多様な環境を網羅するよう留意した。試料は10％ホルマリン溶液で分析に供した。分析項目は、種の同定、種別個体数計数・湿重量測定とした。