これは、船舶の新規登録が完了したときに、当該船舶の船籍港を管轄する地方運輸局長又は神戸海運監理部長若しくは海運支局長より所有者に交付されるものである。
船舶国籍証書は、その性質上必ず船舶に備え付けておかなければならないものである(船員法(昭和22年法律第100条)第18条)。
船舶国籍証書には、次の内容が記載されている。(施行細則第17条の2)
(1) 番号
(2) 信号符字
(3) 種類
(4) 船名
(5) 船籍港
(6) 船質
(7) 帆船の帆装
(8) 上甲板の下面において船首材の前面より船尾材の後面に至る長さ
(9) 船体最広部においてフレームの外面より外面に至る幅
(10) 長さの中央においてキールの上面より船側における上甲板の下に至る深さ
(11) 総トン数
(12) 閉囲場所の合計容積
(13) 除外場所の合計容積
(14) 機関の種類及び数
(15) 推進器の種類及び数
(16) 造船地
(17) 造船者
(18) 進水の年月
(19) 所有者の氏名又は名称、住所及び共有の場合は各共有者の持分
船舶国籍証書及び船舶原簿に記載されている事項が実質関係と一致するかどうか確認するため一定期間ごと(総トン数100トン以上の鋼船にあっては4年以上、総トン数100トン未満の鋼船にあっては2年以上、木船にあっては1年以上)に期日を指定して検認を行う制度になっている(船舶法第5条の2)。
